分子标记的开发和系统发育基因组学实操班

  近年来，随着现代分子生物学的发展，特别是人类基因组计划的实施，不断产生出巨量的分子生物学数据，这些数据有着数量巨大、关系复杂，以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。生物信息学大量的使用计算机技术进行分析工作，这就要求技术人员熟悉多种分析软件的使用方法及其在生物各领域的应用技术。为进一步推动我国生物信息学的发展,提高从业人员的技术水平，北京中科云畅应用技术研究院在中国电子学会（国家专业技术人员继续教育基地）的支持下举办此学习，并由北京中科润开生物科技有限公司具体承办，具体事宜通知如下：

   课程安排：

一、分子鉴定的应用

1、微生物、动物、植物资源普查

2、检验检疫

3、中药材真伪鉴定

4、食品质量安全

5、疾病诊断和预防

6、分子育种

二、High-throughput-sequencing(HTS)原理简介

1、第一代测序技术：Sanger测序原理

2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术: Oxford NanoPore原理

5、Hybridization based methods

6、测序技术的比较及展望

三、Sequence-dependent分子标记开发及应用

1、常用的DNA条形码标记：ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI

2、常用DNA条形码鉴定方法：sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based

3、筛选最优DNA条形码指标

⑴PCR amplification success

⑵Sequencing efficiency

⑶Species distinguishing power

⑷DNA barcoding gap

4、DNA barcoding相关数据库

⑴BOLD: Barcode of Life Database

⑵BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

四、Chloroplast-dependent分子标记开发及应用

1、测序方案：实验方法纯化还是生信方法纯化

2、组装方法：de novo vs. reference based，ACRE， IOGA， NOVOPlasty，Fast-Plast, k-mer-based。

3、注释流程：CPGAVAS2， GeSeq，DOGMA，AGORA

4、特异性标记筛选流程：ecoprimer

五、其他类型的分子标记开发与应用

1、Ultra-conserved element （UCE）

2、Low-copy nuclear （LCN）loci：sondovac

3、从HTS data中发现同源序列：OrthoFinder

4、从HTS data中发现Intron-exonboundaries：MarkerMiner

5、Nuclear+organellar data：Hyb-Seq

6、transcriptome

7、Single Nuclear Polymorphic marker 

六、实验部分

1、虚拟机的安装及使用

2、linux

3、various mapping methods：bowtie2，samtools

4、various genome assembly method：SPADES，NOVOPlasty

5、R，ggplot

主讲专家：

主讲专家来自中国医学科学院、中科院等科研机构的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事生物信息领域项目研究，具有资深的技术底蕴和专业背景

报名须知：

A 类： ¥RMB:2900 元/人,（包含报名费、培训费、资料费）食宿可统一安排，费用自理学员，经培训考试合格后可以获得：由北京中科云畅应用技术研究院 颁发的结业证书   

B 类： ¥RMB:3200 元/人,（包含证书费、报名费、培训费、资料费）培训结束经考核合格，可获得由中国电子学会颁发全国电子信息人才能力提升工程专业《数据分析高级工程师》技术证书， 依据人力资源与社会保障部《国家级专业技术人员继续教育基地管理办法》（人社厅发〔2013〕53 号）的要求，本次学习情况可计入继续教育学时并作为对专业技术人员考核评价、职称评聘、聘用和执业注册的重要依据。须提交电子版彩色照片，身份证复印件。

联系人:李非夜老师

报名电话：17344993067  报名邮箱：2791672217@qq.com  报名微信：zky_li

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