生物信息数据处理与Perl语言编程应用专题培训班
Perl语言作为绝大多数生物信息学工作者首选语言之一。北京市计算中心生物计算事业部针对没有任何计算机语言的生物学、医学、农学等人员,且有从事生物信息学工作相关研究工作的需要。欢迎您报名参加!
举办地:北京,北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间:2017年6月26日-28日 (报名中)上午9:30-12:00,下午13:30-17:00
培训内容及安排:
日期
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授课题目
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授课内容
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第一天
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概述
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1. 生物信息学数据处理概述;
2. Perl语言简介特点与数据处理的优势与应用范围
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运行调试
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3. Perl语言解释器、编辑器安装;
4. Perl运行环境测试与程序编写;
5. UltraEdit软件应用与生物信息学数据文件处理;
6. 基于宏的perl语言快速编程
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操作基础
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7. Perl语言基本变量、操作符、判断结构;循环结构;
8. Perl语言常用函数的功能应用;
9. 生物学数据文件的读入与输出;
10. 生物信息学常见文件的分割、合并、过滤、信息提取等;
11. 批量自动化数据文件操作
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第二天
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生物信息实例应用
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12. 常用生物信息学数据文件格式简介;
13. 用perl从NCBI、ENA等数据库批量下载基因序列;
14. 用perl进行生物学数据文件格式转化;
15. 用perl编程从Fasta、GBK、Fastq、PDB等提取关键生物学数据信息;
16. 用perl批量自动化下载基因序列;
17. 用perl进行DNA到protein批量翻译;
18. 用perl批量DNA序列反向互补;
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高级数据处理
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19. Perl语言的数组、二维数组、hash表用法;
20. 用perl自动化从表格数据提取信息;
21. 矩阵数据文件的生成与应用
22. 二代测序NGS、GWAS等生物信息分析中perl的应用
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第三天
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模块与子程序
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23. perl子程序与模块应用;
24. 强大的正则表达式的应用;
25. 用perl进行基因ID列表比较、筛选与统计;
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Perl的高级应用
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26. Perl第三方代码库CPAN的简介与应用;
27. Bioperl模块与应用;
28. 常用生物信息学程序实例;
29. 用perl进行批量自动化本地blast比对及数据分析;
30. 基于perl的circos基因组作图工具介绍;
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(此表仅供参考,授课内容以实际授课为准)
注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。
【培训特色】
1、对口生物信息; 2、非严格语法,适合初学;
3、功能强大、跨平台;4、有巨大的第三方代码库CPAN
【报名费用】 注册费:3000元/人(含听课费、资料费、上机费、午餐,请自带笔记本电脑以备上机实践使用),主办方可协助安排入住酒店,住宿费用自理。
【付费方式】现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称:北京市计算中心 账号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(汇款信息里 备注上:“生物计算事业部——您的姓名”)
【报名优惠政策】
1、5.20日前报名缴费,可享受减免200元优惠;
2、3人以上团体报名每人可减少400元;
3、4+1团报,可免费赠送一个名额
4、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。
培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。
【联系咨询】
QQ号:2814500767
于老师 010-59341771,15600660904,邮箱:yurt@bcc.ac.cn
会议时间 | 2017-06-26至2017-06-28 |
会议地点 | 北京海淀区 |
主办单位 | 北京市计算中心生物计算事业部 |
联系人 | 员老师 |
电话 | 010-59341773 |
Email | yuanll@bcc.ac.cn |
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