TCGA及SEER癌症公共数据库信息挖掘和论文撰写——实战研习班(武汉)
课程简介:
大数据时代来临,对于很多从事肿瘤研究的临床医生或基础科研人员,有没有一种可以既不做实验又不查病史,直接调用公共数据撰写发表SCI论文的方法呢?TCGA和SEER等癌症公共数据库即提供了这样一种可能。TCGA和SEER分别侧重于组学数据和临床数据,各有优势。TCGA(癌症基因组图谱)数据库是一个多组学的数据库,包括常见癌症的基因组、转录组、蛋白组、表观遗传组数据和与其关联的临床数据,为挖掘有意义的组学变化和发现肿瘤发生、发展、转移等生物学机制提供了海量数据。美国的SEER(癌症监测、流行病学和结果)数据库则是典型的临床医学数据库,是北美最具代表性的大型肿瘤登记注册数据库之一,收集了各个癌种的海量临床病理信息和预后数据,并向全世界免费开放,为临床医师的循证实践及临床研究提供了宝贵的第一手资料。据不完全统计,全世界基于TCGA和SEER数据挖掘产生的文章已经超过2000篇,其中不乏最顶尖的学术期刊文章(如JAMA、新英格兰、Nature、Cell等),这一数目还在不断增长中。
以往的TCGA课程往往侧重于R语言程序的讲解,不少学员反应难以掌握。本课程立足应用和实战,宗旨是“临床医生听得懂、学得会,科研人员亦有收获”。本课程将从临床应用视角介绍癌症公共数据库TCGA、SEER的基本情况、数据库结构、数据获取方式及基本统计方法等,深度解析近年讲课人发表的基于TCGA和SEER数据挖掘的经典案例,重点对癌症公共数据库的数据挖掘和课题设计进行讨论,最后也将探讨在此基础上的基金申请、SCI论文撰写策略。会议详情有关事宜通知如下:
一、时间地点:
2018年10月27日-28日(10月26日报到)
武汉光谷龙安大酒店(地址:武汉市光谷民院路124号(近光谷广场))
二、学习目标:
本次会议提供了一次系统掌握TCGA和SEER等癌症公共数据库数据结构、挖掘方法及分析流程的机会,目的在于帮助有志于利用这些公共数据库的临床医生、转化研究的科研人员及研究生,以便更好地挖掘利用这些免费的公共数据。本次会议不侧重于深入的生物信息学分析讲授,拟解决的问题包括:1、TCGA及SEER数据库的数据下载; 2、获取数据后如何分析;3、如何基于TCGA及SEER等癌症公共数据库设计课题;4、如何在此基础上撰写SCI论文及申请科研基金。
(1)对于临床医生:在临床数据的基础上,发觉大量详实临床信息背后的信息,不用查病历,并用做实验,发出靓丽的SCI论文(一般IF≥3分)。
(2)科研人员:让我们发现在大量测序的数据背后的大量备选基因,发现其可能的价值,为我们的基础实验指明科研方向。
(3)研究生(硕士和博士):通过学习,写出基础或临床的SCI文章,为我们的毕业奠定基础,为我们的简历增光添彩,为我们的未来加油助威。
三、授课方式:
1、课程讲座;
2、专题小组研讨与案例讲解分析结合;
3、上机操作;
(主题明确,针对性强。专题小组研讨与案例讲解分析结合)
四、参会对象:
主要面向从事肿瘤研究的临床医生、转化研究科研人员、在校研究生(硕士、博士)以及广大临床肿瘤研究领域的爱好者。
五、主讲专家:
负责本次主讲老师,来自国内排名前五医院的知名医院肿瘤的临床医生,同时也是基础科研工作者,有着丰富的应用公共数据和临床数据进行研究的经验,已发表主流SCI论文30余篇,其中SEER/TCGA公共数据库相关文章发表多篇SCI,其中多篇Cancer Research、Clinical Cancer Research、Cancer等。
六、课程大纲:
------第一天-----2018.10.27(周六)
时间
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课程名称
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课程内容
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9:00-12:00
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TCGA数据库入门
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1. TCGA数据库入门及数据获取方式解读
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2. 案例解读:基于TCGA数据库发表文章的深度解析
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3. 上机实战:TCGA数据的获取
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12:00-14:00
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午餐与午休
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14:00-17:30
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SEER数据库入门
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1. SEER数据库入门(软件安装、数据获取、数据检索)
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2. 案例解读:基于SEER数据库发表文章的深度解析
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3. 上机实战:SEER数据库数据处理和分析
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-----第二天-----2018.10.28(周日)
时间
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课程名称
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课程内容
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9:00-12:00
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TCGA及SEER数据深度挖掘
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1. 案例解读:如何利用TCGA进行数据挖掘及转化课题设计
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2. 上机实战:基于TCGA数据挖掘和分析实战
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3. 上机实战:基于SEER数据的nomogram构建
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12:00-13:30
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午餐与午休
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13:30-17:00
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论文标书撰写与实用统计方法
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1. SCI论文撰写技巧及如何与审稿人有效沟通
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2. 医学基金标书撰写技巧
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3. 临床科研实用科研统计方法介绍
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4. 上机实战:实用统计方法实战—以GraphPad软件使用为例
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※备注:自带笔记本电脑,安装WINDOWS操作系统,需要SPSS、R、GraphPad Prism 5、SEER*Stat 8.3.5以及Office Excel 2007以上版本等软件。
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七、主办单位:
武汉迈思科研数据平台
八、收费标准:
9月20日前报名2200元/人,9月20日后报名2400元/人。2人以上团体报名直接降200,(费用含午餐费和资料费);住宿统一安排,费用自理。
1.网上汇款或银行转账
户 名: 武汉博迈斯生物科技有限公司
开户行:中国银行武汉武昌营业部支行
帐 号:556059369560
2.支付宝账号
名字:武汉博迈斯生物科技有限公司
账号:112973887@qq.com
3.现场刷卡或现金
您也可以现场刷卡和支付现金。可以刷公务卡
转账后请发电子邮件通知我们,电子邮件中请写明详细转账信息,以便查账,同时写明发票开具单位和具体邮寄地址。
九、报名方式:
请填写 报名表通过电子邮件发送至:1007822699@QQ.com
本次课程名额有限,额满为止;会议纸质邀请函及报销发票将由会务组在会议结束时统一发放。
十、会务咨询:
联系人:王老师15377500717,康老师15377500719
E-mail:1007822699@QQ.com
十一、参会要求:
1.请自带笔记本电脑,会场我们会布置足够的电源插座,确保电脑为Windows系统
2.上课之前会轮流自行拷贝到电脑上。
报名回执表及乘车指南
时间:2018年10月27-28日(26日报到;两整天课程)
单位名称
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单位地址
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发票抬头
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纳税人识别号
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住宿预定
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□单住 □合住 □自行安排
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发票内容
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□会议费 □会务费
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备注
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1. 确定参加后,请将报名表发至1007822699@QQ.com,邮件发出后两日内若无回复,请电话联系确认。
2. 联系人:王老师 电话:15377500717
乘车指南:
酒店位于武汉光谷广场的武汉光谷龙安大酒店(地址:武汉市光谷民院路124号)
1. 市内可乘公交到民院路光谷广场站下车,前行50米过马路即到。
2. 到达天河机场和汉口火车站的学员直接搭乘地铁2号线至光谷广场站C出口出,前行右转200米红绿灯过马路即到。
3. 到达武汉火车站和武昌火车站的学员搭乘地铁4号线在中南路站换乘地铁2号线至光谷广场站C出口出,前行右转200米红绿灯过马路即到。
会议时间 | 2018-10-27至2018-10-28 |
会议地点 | 湖北武汉 |
主办单位 | 武汉迈思科研 |
联系人 | 王老师 |
电话 | 15377500717 |
Email | 1007822699@qq.com |
官方网址 | http://www.metamics.cn |
声明:
1.以上会议非科学网主办或承办会议,科学网会议频道会议来自于互联网方便用户了解行业信息,如需参会、汇款、获取邀请函或会议日程,请与主办单位联系
2.部分会议信息来自互联网,由于网络的不确定性,科学网对所发布的信息不承担真实性的鉴别工作,请谨慎选择汇款参会,若您发现信息有误,请联系010-62580809纠错
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