1月21日至22日，武汉物数所召开2009年度学术年会，共有31位研究员对2009年度的科研工作和突出进展作了集中汇报，全所近200名职工和研究生共同分享了此次学术盛宴。
2009年，在科研人员的共同努力下，武汉物数所受资助的基金项目数、资助经费总额再创历史新高，成为该所历年来获得资助经费和资助项目数量最高的一年，在2009年的基金申请中，该所面上项目和青年项目的获得资助率均远远高于基金委的平均资助率。
2009年，由武汉物数所主持的“十一五”国家科技支撑计划项目课题“300MHz-500MHz核磁共振波谱仪的研制”完成了2台工程样机的研制，并通过了所级验收，该谱仪的技术性能和实验功能与目前国际上同类商品谱仪水平相当。“窄线宽激光光谱仪”与“极低温磁共振力显微镜”也在本年度通过了院计划财务局组织的验收，“窄线宽激光光谱仪”已经用于国家“973”项目和基金委重大项目的研究工作，并开始应用于分子光谱学研究，“极低温磁共振力显微镜”项目组研制出了国内首台极低温磁共振力显微镜，为量子调控等重大前沿项目的研究提供了有力的实验手段。“量子计算的实验和理论研究”和“全天时、全高程大气探测激光雷达”项目分别获2009年度湖北省自然科学一等奖和技术发明二等奖，与沈阳东软集团合作的“核磁共振成像系统医用低场永磁体”项目获辽宁省科技进步一等奖。
2009年，武汉物数所组织完成院“原子频标重点实验室”的申报，现已获批成立；组织完成院所级公共技术服务中心“磁共振技术中心”的申报，现已成为中科院第一批的29个中心之一；组织建设动物实验室，并获得了实验动物行政许可证；武汉磁共振中心被评为2009年度湖北省共享平台先进集体一等奖，先进机组一等奖。
2009年是武汉物数所学术交流活动的丰收年，研究所相继承办了一系列的重要学术会议和研讨班。包括“第十一届化学动力学会议”、“中国科学技术协会第200次青年科学家论坛”、“东湖论坛”、“第十三届北京分析测试学术报告会及展览会”，“生物核磁共振及代谢组学高级研讨班”、“冷原子物理与量子光学”创新团队会议等。这些会议的召开不仅为科学家提供了很好的学术交流平台，还从更高层次、更高水平为学科发展提供了思路。
