武汉——生物信息学数据分析、基因组、转录组、R语言及作图

 一、培训目标及特点：

本培训以第三代测序、第四代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题，精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机实操课程。

培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员，学员通过与专家直接交流能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路，在研究技术方面领悟更多。



二、时间地点： 2017年12月14日——12月18日   武汉

                 （时间安排：第1天报到，授课4天）

三、培训内容

生物信息学介绍 
生物信息学介绍与前沿技术动态 
序列的比对
1、全局比对 Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比对 Blast, Sim4,Genewise
3、序列比对算法分析 

基因组/基因注释分析 
1、新一代测序技术原理和数据处理介绍
2、基因组拼接与组装基因组de novo组装方法重复序列分析技术
3、 RNA分析tRNA,rRNA,microRNA,snoRNARNA干扰，SiRNA预测技术
4、基因预测原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍 


基因组学研究概述 
1、structural genomics: 结构基因组学
2、functional genomics: 功能基因组学
3、Drug discovery: 药物研发
4、Personalized medicine：个性化、精细医疗 


DNA测序技术-转录组分析的进化 
1、第一代测序技术：Sanger测序原理
2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理
3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理
4、第四代测序技术:Oxford NanoPore原理
5、其他技术Hybridization based methods (NabSys) 
Experimental procedure for transcriptomic analysis IntroductionNumber of duplicationsSequencing coverageTranscriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)IsoSeq Experimental design 
Data analysis （part 1）：data pre-processing evaluation of data quality 数据分析Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanupQuality filter, trimmer, clipper 
Data analysis （part 2）：
reference free analyses（无参转录组分析） 
Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis of Differential Expressed Gene （DEGs）Abundance estimation using RSEMDifferential expression analysis using EdgeRExplore the results (cummerbund)MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles. 

使用R语言进行生物信息学相关的分析 
使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。
生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现 
基因组可视化软件circos的使用 使用circos绘制基因组圈图 
生物信息学专业常用工具及绘图方法 应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换；学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换 

四、主讲专家：
主讲专家来自中科院基因所等科研机构的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事生物信息领域项目研究，具有资深的技术底蕴和专业背景。

五、颁发证书：
学员经培训考试合格后可以获得：
由中科云畅应用技术研究院颁发的《生物信息工程师》水平认证培训证书
注：请学员带两寸蓝底彩照2张（背面注明姓名）、身份证复印件一张

六、报名办法及费用： 
每人￥4300元（含报名费、资料费、培训费、考试费），不含食宿费，住宿可统一安排，费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，报名需提前电话联系张老师帮助登记或将报名回执表发送到会务处。

七、联系方式：
联系人: 张爱国 咨询电话：136 8311 1214    座机：010-58032788
报名邮箱：zky_im@vip.126.com

*需要具体的红头通知文件，可联系张爱国老师。

声明：