高通量测序、基因组、转录组 寒假培训班

发布时间:2017-12-10 12:38:26

 一、培训目标及特点:

培训以第三代测序、第四代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机实操课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员,学员通过与专家直接交流能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路,在研究技术方面领悟更多。

 

二、培训

    章节

   内 容

生物信息学介绍 

生物信息学介绍与前沿技术动态

序列的比对

1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise

3、序列比对算法分析

 

 

基因组/基因注释分析

1、新一代测序技术原理和数据处理介绍

2、基因组拼接与组装

基因组de novo组装方法

重复序列分析技术

3RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA干扰,SiRNA预测技术
4、基因预测
原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍

基因组学研究概述

 

1structural genomics: 结构基因组学

2functional genomics: 功能基因组学

3Drug discovery: 药物研发

4Personalized medicine:个性化、精细医疗

 

DNA测序技术-转录组分析的进化

1、第一代测序技术:Sanger测序原理

2、第二代测序技术:Illumina454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术: Oxford NanoPore原理

5、其他技术Hybridization based methods (NabSys)

Experimental   procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications

Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

Data analysis  part 1):data pre-processing

 

evaluation of data quality 数据分析

Data formatfastafastqquality valuegff3 Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper

 

Data analysis part 2):reference free analyses(无参转录组分析)

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene DEGs

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results (cummerbund)

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.

 

使用R语言进行生物信息学相关的分析

使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。

生物信息学专业图KEGGGO等的绘制方法与运用R语言进行实现

基因组可视化软件circos的使用

 

使用circos绘制基因组圈图

生物信息学专业常用工具及绘图方法

应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换;

BioEditWeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换

 

三、联系方式:

报名电话:010-58032788  

联系人: 张爱    咨询电话:136 8311 1214                          

报名邮箱:zky_im@vip.126.com

了解更详细的 红头文件,请联系张爱国老师。

会议时间2018-01-26至2018-01-30
会议地点山东济南
主办单位中科云畅应用技术研究院
联系人张爱国
电话13683111214
Email1256090094@qq.com

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