实用微生物组学信息分析精品班

发布时间:2017-04-27 14:58:38

 

为帮助各领域广大科研人员解决从方案设计、数据解读、图表绘制、数据挖掘和文章设计各环节中遇到的问题。北京市计算中心特聘请XX一线项目经验丰富的科研人员精心组织了本次培训课程,为保证听课质量和教学质量,本研讨班采用小班授课方式。课程内容针对性极强、上机实践比重更达到70%,整套课程教学目的明确,从微生物组学实验方案的宏观到细节再到注意事项的讲解,为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基础,上机实践课程贯穿从测序数据下机后质量评估、物种注释到数据分析和结果呈现整个流程。诚邀各领域广大科研工作者和高校教师及研究生报名参加! 

主办单位: 中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会
承办单位:北京市计算中心
协办单位:云计算关键技术与应用北京市重点实验室
          中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会
          北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心
          中国生物工程杂志
          北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司 

培训地点:北京海淀区丰贤中路7号3号楼,北京市计算中心三层会议室  
培训时间:2017年5月16日-19日  (报名中) 上午:9:30 - 12:00   下午:1:30 – 5:00

日期

上课时间

授课题目

授课内容

第一天

9:30-12:00

微生物组学研究概论及进展

1、微生物组研究的发展历史

2、微生物测序分析技术及实验技术原理

3、研究热点分享

13:30-17:30

经典案例分享方案设计与文章架构设计

1微生物组学经典文章回顾,未来微生物组学发展方向

2、已发表各类精品文章的经验总结:包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案

3、文章写作经验分享,包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧

第二天

9:00-12:00

Linux基础操作

1Linux常用命令使用和上机操作

2Linux环境下软件安装

16s测序分析结果解读

1OUT分析

2、物种分类与丰度分析

3Alpha多样性分析

4Beta多样性分析

5、显著性差异分析

13:30-17:30

16s数据分析

(上机)

1、质控与数据拼接

2OTU聚类

3、物种注释

4、统计分析:(1α多样性分析;(2β多样性分析;(3)群落结构及丰度分析;(4)进化分析;(5)差异分析(Lefse);(6)功能分析(picrust)

第三天

9:00-12:00

宏基因组测序分析结果解读

1、物种注释分析

2、差异物种分析

3、差异基因分析

4、功能注释分析

5MGS分析

13:30-17:30

宏基因组数据分析(上机)

1、质控

2、拼接组装

3、聚类BinningTETRA; MetaCluster; Phymm

4、基因注释:FragGeneScanMetaGeneMarkMetaGeneAnnotator

5、功能注释:RAMMCAPBlast

6、统计分析:(1)物种分析;(2)功能分析;(3)差异分析;(4)比较分析 

第四天

9:00-12:00

R的数据处理功能及统计应用

1R的安装、运行与使用

2R语法介绍(R基本符号)

3R数据处理,对R语言中常用的数据结构包括向量,数组,矩阵,列表,数据框等的介绍、使用方法及使用范围

13:30-17:30

R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

1、基础绘图工具(绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存)

2、图形案例实际操作

2.1散点图-点线混合图、并列散点图、坐标对数话

2.2条形图-标准条形图、推积条形图Error Bar形图

2.3饼图

2.4盒形图(箱线图)

2.5频率直方图

2.6热图

 

(课程内容以实际授课为准) 
注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。
讲师团队 
邀请中科院和北京市计算中心一线工作经验丰富的老师主讲。
报名费用  注册费: 2500元/人(资料费、上机费、午餐费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)
附近最近酒店为:如家酒店(永丰店),可自行网上预定,费用自理。
付费方式 现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称:北京市计算中心      账号:0200151819100023937 
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(汇款信息里 备注上:“生物计算事业部——您的姓名”,个人汇款请备注上单位名称)  
报名优惠政策 
1、4.20日前报名成功并缴费每人可优惠300元
2、3人以上团体报名每人可减少300元;
3、4+1团报,可免费赠送一个名额              
²  培训座位按收到报名表先后顺序安排。  
联系咨询 
于老师   010-59341771,15600660904 邮箱:yurt@bcc.ac.cn  QQ号:2814500767 

会议时间2017-05-16至2017-05-19
会议地点北京

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